早晨起来尿尿疼，可能是以下原因引起：
1.尿道炎：尿道炎是一种常见的泌尿系统感染，可导致尿尿疼痛、尿频、尿急等症状。尿道炎的发生与细菌感染有关，常见的细菌有大肠杆菌、链球菌等。此外，尿道炎还可能与性生活、个人卫生习惯不良、免疫力下降等因素有关。治疗尿道炎通常采用抗生素治疗，如左氧氟沙星、阿莫西林等。同时，患者应注意个人卫生，多喝水，以促进病情恢复。
2.膀胱炎：膀胱炎是膀胱的炎症，也可引起尿尿疼痛。膀胱炎的症状与尿道炎相似，但通常还会伴有下腹疼痛、尿急、尿频等症状。膀胱炎的发生与细菌感染、免疫力下降等因素有关。治疗膀胱炎通常采用抗生素治疗，如头孢呋辛酯、磺胺嘧啶等。同时，患者应注意休息，多喝水，以促进病情恢复。
3.前列腺炎：前列腺炎是男性常见的疾病，也可引起尿尿疼痛。前列腺炎的症状与膀胱炎相似，但通常还会伴有会阴部疼痛、尿频、尿急、尿痛等症状。前列腺炎的发生与细菌感染、性生活频繁、久坐等因素有关。治疗前列腺炎通常采用抗生素治疗，如左氧氟沙星、阿奇霉素等。同时，患者应注意休息，避免久坐，多喝水，以促进病情恢复。
4.泌尿系统结石：泌尿系统结石是指肾脏、输尿管、膀胱等部位形成的结石，也可引起尿尿疼痛。泌尿系统结石的症状与尿道炎、膀胱炎相似，但通常还会伴有血尿、腰痛等症状。泌尿系统结石的发生与饮食、代谢异常、遗传等因素有关。治疗泌尿系统结石通常采用药物治疗、体外冲击波碎石、手术治疗等方法。具体治疗方法应根据结石的大小、位置、数量等因素而定。
总之，早晨起来尿尿疼可能是多种疾病引起的，建议及时就医，明确诊断，以便采取相应的治疗措施。