早上起来小便特别疼，可能是以下原因导致的：
1.尿道炎：尿道炎是一种常见的泌尿系统感染，通常由细菌感染引起。尿道炎会导致尿道口红肿、疼痛，排尿时疼痛加剧。除了尿痛，还可能伴有尿频、尿急、尿不尽等症状。治疗尿道炎通常采用抗生素治疗，如左氧氟沙星、阿莫西林等。此外，还需要注意个人卫生，多喝水，促进排尿。
2.膀胱炎：膀胱炎是膀胱的炎症，也会导致尿频、尿急、尿痛等症状。此外，还可能伴有下腹部疼痛、腰痛等症状。膀胱炎的治疗方法与尿道炎类似，也是使用抗生素进行治疗。同时，需要注意休息，多喝水，保持尿道口清洁。
3.前列腺炎：前列腺炎是男性常见的疾病，也会导致尿痛、尿频、尿急等症状。此外，还可能伴有会阴部疼痛、性功能障碍等症状。前列腺炎的治疗需要根据具体情况进行，一般包括药物治疗、物理治疗等。此外，还需要注意饮食清淡，避免久坐，性生活规律。
4.泌尿系统结石：泌尿系统结石也会导致尿痛，尤其是排尿时结石移动时疼痛更为明显。此外，还可能伴有血尿、腰部疼痛等症状。治疗泌尿系统结石需要根据结石的大小、位置等情况进行，一般包括药物排石、体外冲击波碎石、手术取石等方法。
5.其他原因：除了上述原因，还有其他一些原因也可能导致尿痛，如尿道口息肉、尿道口狭窄、膀胱肿瘤等。
总之，早上起来小便特别疼可能是多种原因引起的，如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，进行相关检查和治疗。同时，注意个人卫生，多喝水，避免憋尿，有助于预防泌尿系统感染的发生。