怀孕三个月肚子右侧隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现牵拉痛或不适感，尤其在右侧。
2.韧带拉伸：随着子宫的增大，连接子宫的韧带也会被拉伸，这可能导致腹部右侧隐隐作痛。
3.其他原因：右侧附件炎、阑尾炎、肠痉挛等也可能引起腹部疼痛。
如果疼痛不严重，没有阴道流血等异常情况，可以先观察。注意休息，避免剧烈运动和劳累，保持良好的心态。如果疼痛持续加重或伴有其他不适症状，如阴道流血、发热、恶心、呕吐等，应及时就医。医生可能会进行以下检查：
1.超声检查：观察胎儿的发育情况和子宫内的情况，排除宫外孕等异常情况。
2.血液检查：检查血常规、C反应蛋白等，排除感染等问题。
3.其他检查：根据具体情况，医生可能会安排其他检查，如妇科检查、阑尾超声等，以明确疼痛的原因。
在就诊时，应告知医生详细的症状和怀孕情况，以便医生做出准确的诊断和治疗。此外，孕期应注意定期产检，及时了解胎儿的发育情况和自身的健康状况。如果有任何异常情况，应及时就医。