怀孕三个月肚子右侧隐隐作痛，可能与以下因素有关。
1.子宫增大：怀孕后，子宫逐渐增大，可能会牵拉子宫周围的韧带，引起肚子右侧隐隐作痛。这种疼痛通常是轻微的，而且是间歇性的，休息后可以缓解。
2.生理性宫缩：怀孕后，子宫会出现生理性宫缩，也可能导致肚子右侧隐隐作痛。这种宫缩通常是无痛性的，不会引起子宫颈扩张和早产。
3.阑尾炎：阑尾炎是一种常见的腹部疾病，疼痛通常开始于上腹部或肚脐周围，然后逐渐转移到右下腹。如果怀孕三个月时出现肚子右侧转移性疼痛，伴有恶心、呕吐等症状，可能是阑尾炎引起的。
4.右侧附件炎或右侧输尿管结石：右侧附件炎或右侧输尿管结石也可能导致肚子右侧隐隐作痛。右侧附件炎通常伴有白带异常、发热等症状，而右侧输尿管结石可能伴有血尿、尿频、尿急等症状。
5.其他：怀孕三个月时，肚子右侧隐隐作痛还可能与其他因素有关，如肠痉挛、腹部外伤等。
如果怀孕三个月时出现肚子右侧隐隐作痛，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血常规等，以明确疼痛的原因，并采取相应的治疗措施。同时，建议孕妇注意休息，避免剧烈运动和劳累，保持良好的心态，注意饮食卫生，避免食用辛辣、刺激性食物。如果疼痛加重或出现其他不适症状，应及时就医。