怀孕三个月肚子右侧隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现牵拉痛或隐痛，通常为轻微的、阵发性的，位于子宫的右侧或左侧，这是正常的生理现象。
2.韧带牵拉：怀孕后，子宫附近的韧带会受到牵拉，可能会引起肚子右侧隐隐作痛。这种疼痛通常也是轻微的，不会持续很长时间。
3.其他原因：如果肚子右侧隐隐作痛同时伴有阴道流血、发热、恶心、呕吐等症状，可能是其他疾病引起的，如先兆流产、宫外孕、阑尾炎等。
如果怀孕三个月肚子右侧隐隐作痛持续时间较长、程度较重，或伴有其他异常症状，建议及时就医，进行相关检查，如超声检查、血常规检查等，以排除其他疾病的可能。同时，在怀孕期间，应注意休息，避免剧烈运动和过度劳累，保持良好的心态，均衡饮食，定期进行产前检查。