怀孕三个月肚子右边疼可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕三个月时，子宫逐渐增大，可能会牵拉子宫圆韧带，引起肚子右边疼。这种疼痛通常为牵涉痛，表现为肚子右边隐痛或牵扯感，休息后可缓解。
2.生理性宫缩：怀孕后，子宫会出现生理性宫缩，尤其是在活动后，可能会引起肚子右边疼。生理性宫缩一般不会导致子宫颈口扩张，通常也不需要特殊处理。
3.阑尾炎：如果疼痛同时伴有恶心、呕吐、发热等症状，可能是阑尾炎引起。阑尾炎的疼痛通常开始于上腹部或脐周，逐渐转移至右下腹。
4.右侧附件炎或右侧输尿管结石：如果疼痛位于右下腹，并伴有白带增多、发热等症状，可能是右侧附件炎引起；如果疼痛剧烈，并伴有血尿，可能是右侧输尿管结石引起。
5.其他：肝脏疾病、肠道疾病等也可能引起肚子右边疼。
如果疼痛持续不缓解或伴有其他异常症状，如阴道流血、头晕、乏力等，应及时就医，进行相关检查，如B超、血常规等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，在怀孕期间应注意休息，避免剧烈运动和过度劳累，保持心情愉快，合理饮食，定期产检。