怀孕三个月肚子右边疼，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会拉扯周围的韧带和组织，引起轻微的疼痛，通常出现在下腹部，但也可能出现在右侧。这种疼痛通常是间歇性的，不会很剧烈，而且不会伴有其他异常症状。
2.阑尾问题：阑尾位于腹部的右侧，如果阑尾发炎或出现其他问题，可能会引起右侧腹痛。此外，还可能伴有恶心、呕吐、发热等症状。
3.胆囊问题：胆囊位于右上腹部，如果胆囊出现问题，如胆囊炎或胆结石，也可能引起右侧腹痛。此外，还可能伴有恶心、呕吐、黄疸等症状。
4.其他原因：右侧腹部的其他器官如肝脏、肾脏等出现问题，也可能引起疼痛，如肝炎、肾结石等。
如果怀孕三个月肚子右边疼持续时间较长或伴有其他异常症状，如阴道出血、发热、呕吐等，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定疼痛的原因，并采取相应的治疗措施。
在就医前，应注意休息，避免剧烈运动和性生活，同时应注意观察疼痛的变化情况，如果疼痛加重或出现其他异常症状，应及时就医。此外，应注意保持良好的饮食习惯，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，以免加重胃肠道负担。