怀孕三个月肚子右边疼可能由以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫逐渐增大，可能会牵拉子宫周围的韧带，引起肚子右边疼。这种疼痛通常是轻微的，并且是间歇性的。
2.阑尾问题：如果疼痛在右下腹，并伴有恶心、呕吐等症状，可能是阑尾问题。需要及时就医，进行检查和治疗。
3.胆囊问题：疼痛位于右上腹，并伴有恶心、呕吐、发热等症状，可能是胆囊问题。需要及时就医，进行检查和治疗。
4.其他：如果疼痛持续时间较长、疼痛剧烈、伴有阴道出血等症状，可能是其他问题引起的，如宫外孕、先兆流产等。需要及时就医，进行检查和治疗。
如果怀孕三个月肚子右边疼，建议及时就医，进行检查和治疗。同时，建议孕妇注意休息，避免剧烈运动和劳累，保持良好的心态。如果疼痛持续不缓解或加重，应及时就医。