3个月宝宝咳嗽有痰，可能是感冒、喉炎、肺炎等疾病引起，不同疾病的治疗方法不同，以下是一些常用的治疗方法：
1.一般治疗：
保持室内空气流通、湿润，避免干燥、寒冷等不良刺激。
给宝宝适当增加水分摄入，有助于稀释痰液。
及时清理宝宝的鼻腔分泌物，保持呼吸通畅。
2.药物治疗：
如果是感冒引起的咳嗽有痰，通常可以使用祛痰药，如氨溴索、氨溴特罗等。如果咳嗽严重，影响宝宝的睡眠和进食，可以使用止咳药，如右美沙芬等。
如果是喉炎引起的咳嗽有痰，需要使用糖皮质激素减轻喉部水肿，如泼尼松龙等。
如果是肺炎引起的咳嗽有痰，需要根据病原体选择合适的抗生素进行治疗，如头孢呋辛、阿莫西林等。
3.中医治疗：
推拿按摩：可以按摩宝宝的肺俞、膻中、丰隆等穴位，有助于化痰止咳。
中药治疗：如果宝宝的咳嗽有痰属于风热咳嗽，可以使用银翘散加减治疗；如果属于风寒咳嗽，可以使用金沸草散加减治疗。
需要注意的是，以上治疗方法仅供参考，如果宝宝的症状持续不缓解或加重，应及时就医，以免延误病情。同时，在给宝宝使用药物治疗时，应严格按照医生的建议使用，避免自行增减剂量。