牙齿发黄且内部有黑色物质，可能是以下原因导致：
1.外源性着色：长期喝咖啡、茶、红酒，或长期吸烟，可能导致牙齿表面着色，出现黄色或黑色物质。此外，不注意口腔卫生，食物残留、细菌等在牙齿表面堆积，也可能使牙齿发黄。这种情况一般通过洗牙、喷砂洁牙等方式可以去除。
2.内源性着色：
四环素牙：在牙齿发育期间，服用了四环素类药物，如四环素、金霉素、土霉素等，可导致牙齿着色，呈现黄色或棕色。这种情况通常无法通过日常护理改善，可通过冷光美白、贴面或烤瓷冠修复等方法改善牙齿美观。
氟斑牙：如果饮用水中含氟量过高，可能会导致氟斑牙，使牙齿出现黄褐色斑块，严重时甚至会出现釉质缺损。这种情况同样可以通过冷光美白、贴面或烤瓷冠修复等方法治疗。
3.龋齿：如果牙齿龋坏，也会使牙齿变色，龋坏部位通常会呈现黑色。对于轻度的龋齿，可以通过补牙治疗；如果龋坏严重，可能需要进行根管治疗。
4.牙髓坏死：牙齿受到外伤或感染等原因，可能导致牙髓坏死，使牙齿颜色变黑。这种情况需要进行根管治疗，然后再进行烤瓷冠修复。
如果发现牙齿发黄且有黑色物质，建议及时就医，进行详细的口腔检查，以确定具体原因，并采取相应的治疗措施。同时，日常应注意保持良好的口腔卫生，定期洗牙，预防口腔疾病。