怀孕三个月时感冒头疼，可能是由以下原因引起：
1.感染：怀孕后，女性的身体免疫力会有所下降，容易感染病毒或细菌，从而引发感冒。感冒病毒或细菌感染可能导致头疼。
2.激素变化：怀孕后，女性体内的激素水平会发生变化，这可能影响身体的免疫系统和神经系统，导致头疼。
3.睡眠不足：怀孕期间，女性可能会感到疲劳和困倦，睡眠不足可能导致头疼。
4.压力和焦虑：怀孕期间，女性可能会面临各种压力和焦虑，这可能导致头疼。
5.饮食问题：怀孕期间，女性的饮食习惯可能会发生变化，某些食物或饮料可能导致头疼。
针对怀孕三个月时感冒头疼的问题，以下是一些建议：
1.休息：尽量多休息，避免过度劳累。
2.补充水分：多喝水，保持身体水分充足。
3.饮食调整：避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，多吃新鲜水果和蔬菜。
4.保持室内空气流通：保持室内空气流通，避免空气污染。
5.按摩：轻轻按摩头部和颈部，缓解头疼。
6.注意保暖：避免着凉，尤其是头部和颈部。
如果头疼严重或持续时间较长，建议咨询医生。医生可能会建议使用一些安全的药物来缓解头疼，例如对乙酰氨基酚。同时，医生还会评估感冒的严重程度，并提供相应的治疗建议。
需要注意的是，怀孕期间使用药物需要谨慎，应在医生的指导下使用。此外，如果感冒症状严重或伴有发热、咳嗽等其他症状，应及时就医，以确保孕妇和胎儿的健康。