大便有真菌孢子是否严重，取决于多种因素，以下是一些可能的情况：
1.轻微感染：如果只是偶尔发现大便中有真菌孢子，且没有其他不适症状，可能是由于肠道内正常菌群失衡或摄入了受真菌污染的食物引起的。这种情况下，通常不需要特殊治疗，保持良好的饮食和生活习惯，避免滥用抗生素，有助于恢复肠道菌群平衡。
2.肠道疾病：某些肠道疾病，如炎症性肠病、肠道真菌感染等，可能导致大便中出现真菌孢子。此时，除了真菌孢子外，还可能伴有其他症状，如腹痛、腹泻、便秘、脓血便等。在这种情况下，需要进一步进行检查，如肠镜检查、真菌培养等，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。
3.免疫系统问题：免疫系统功能低下的人群，如艾滋病患者、接受免疫抑制剂治疗的患者等，容易发生真菌感染。如果大便中有真菌孢子，可能提示存在深部真菌感染，需要及时就医，进行进一步的检查和治疗。
4.长期使用抗生素：长期使用广谱抗生素可能会破坏肠道菌群平衡，导致真菌过度生长。在这种情况下，停用抗生素，并使用抗真菌药物进行治疗，通常可以缓解症状。
需要注意的是，以上只是一些常见的情况，具体的诊断和治疗需要根据个体情况进行综合判断。如果发现大便中有真菌孢子，建议及时就医，进行详细的检查和咨询医生的建议。此外，保持良好的个人卫生习惯，注意饮食卫生，避免滥用抗生素等，有助于预防肠道真菌感染的发生。