宝宝半夜发烧39度一晚上可能会对身体造成损害，具体如下：
1.高热惊厥：宝宝神经系统发育不完善，高烧可能导致大脑神经元异常放电，引起惊厥。
2.脱水：发烧会使宝宝体内水分流失，若不及时补充，可能引起脱水。
3.大脑损伤：长期或严重的高热可能对大脑造成损伤，影响智力和身体发育。
4.其他器官功能损害：高烧还可能影响心脏、肺等器官的功能。
因此，当宝宝发烧39度时，家长应及时采取措施，如给宝宝服用退烧药（如布洛芬、对乙酰氨基酚）、物理降温（用温水擦拭手心、腋窝、腹股沟等部位）、多喝水等。同时，要密切观察宝宝的情况，若宝宝出现精神萎靡、呼吸急促、抽搐等异常，应立即就医。此外，发烧只是一种症状，可能是由感染、炎症等引起的，家长应带宝宝去医院检查，明确病因，进行针对性治疗。
需要注意的是，每个宝宝的体质和病情不同，具体情况需要根据医生的建议来处理。在宝宝生病期间，家长要注意给宝宝提供营养丰富的食物，保证充足的睡眠，以帮助宝宝尽快恢复健康。