造成包皮上长小肉疙瘩的原因有很多，以下是一些可能的原因：
1.阴茎珍珠疹：这是一种良性病变，常见于包皮过长或包茎的男性。表现为龟头边缘或冠状沟处出现珍珠状、半透明的小丘疹，无明显自觉症状。可能与包皮垢刺激、局部感染等因素有关。
2.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。表现为生殖器部位的菜花状、乳头状赘生物，可逐渐增大、增多。尖锐湿疣具有传染性，需要及时就医治疗。
3.传染性软疣：是由传染性软疣病毒感染引起的传染性皮肤病。表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。好发于儿童和青年人，可通过直接接触或间接接触传播。
4.扁平湿疣：是二期梅毒的一种表现，主要发生于梅毒螺旋体感染后2~3个月。表现为生殖器部位的扁平丘疹，表面湿润，可融合成斑块，不痛不痒。扁平湿疣具有传染性，需要及时就医，进行驱梅治疗。
5.其他原因：如皮脂腺异位症、假性湿疣、鲍温样丘疹病等，也可能导致包皮上长小肉疙瘩。
如果发现包皮上长小肉疙瘩，建议及时就医，进行相关检查，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，要注意个人卫生，保持局部清洁干燥，避免搔抓和摩擦，避免不洁性生活。