儿童长期晨起咳嗽可能是由以下原因引起的：
1.上气道咳嗽综合征：鼻部疾病引起分泌物倒流鼻后和咽喉等部位，直接或间接刺激咳嗽感受器，导致咳嗽。常见疾病包括鼻炎、鼻窦炎、腺样体肥大等。
2.咳嗽变异性哮喘：咳嗽是其主要临床表现，多为刺激性干咳，通常咳嗽比较剧烈，夜间或清晨咳嗽较为明显。
3.胃食管反流病：胃酸和其他胃内容物反流进入食管，甚至喉部，可导致咳嗽。患儿多在进食后出现咳嗽或咳嗽加重，部分患儿可表现为干呕或呕吐。
4.感染后咳嗽：急性呼吸道感染，其咳嗽症状可能会持续数天甚至数周，多能自行缓解。
5.其他：心因性咳嗽、变应性咳嗽、异物吸入、药物诱发性咳嗽等也可能导致儿童长期晨起咳嗽。
如果儿童长期晨起咳嗽，建议及时就医，进行相关检查，如血常规、胸片、过敏原检测等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意保持室内空气清新，避免接触过敏原，鼓励儿童多喝水，多吃新鲜的蔬菜和水果。