怀孕40天孕囊大小约为5mm左右，但具体大小因人而异。孕囊大小与怀孕时间密切相关，怀孕40天时孕囊大小通常在5mm左右，如果孕囊大小与怀孕时间相符，一般说明胚胎发育正常。
需要注意的是，孕囊大小只是评估胚胎发育情况的一个指标，还需要结合其他检查结果，如孕酮、HCG水平等，以及孕妇的症状，如腹痛、阴道流血等，综合判断胚胎发育情况。如果孕囊大小明显小于怀孕时间，可能提示胚胎发育不良或宫外孕；如果孕囊大小明显大于怀孕时间，可能提示多胎妊娠或葡萄胎等。
此外，在怀孕早期，孕囊还在不断发育中，需要注意休息，避免剧烈运动和性生活，同时要按照医生的建议进行产检，及时了解胚胎发育情况。如果出现异常情况，应及时就医，以便采取相应的治疗措施。