大便时肛门疼的原因可能有以下几种：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。典型表现为肛门疼痛、便秘和出血。肛裂引起的疼痛多剧烈，有典型的周期性。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫，便后或久坐、久站后可出现肿胀、疼痛。
3.内痔：通常无明显疼痛，当内痔或混合痔脱出嵌顿，出现水肿、感染、坏死时，可伴有肛门疼痛。
4.肛管及肛门周围炎症：如肛窦炎、肛乳头炎、肛周脓肿、肛瘘等，也可引起肛门疼痛。
5.肛门直肠神经官能症：这类患者也会出现肛门疼痛，但多与情绪有关，检查时可发现肛门括约肌痉挛。
6.其他：如恶性肿瘤、肛管及周围的损伤等，也可导致肛门疼痛。
如果出现大便时肛门疼的症状，建议及时就医，明确诊断。治疗方法因病因而异，常见的治疗方法包括：
1.保持大便通畅：多饮水，多吃蔬菜水果，及富含膳食纤维的食物，避免便秘。
2.局部坐浴：便后用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，可缓解疼痛，促进愈合。
3.外用药物：如痔疮膏、痔疮栓等，可减轻局部炎症，缓解疼痛。
4.口服药物：如抗生素、止痛药等，可根据病情需要使用。
5.手术治疗：对于严重的肛裂、肛瘘等疾病，可能需要手术治疗。
此外，在日常生活中，应注意保持肛门局部清洁，避免久坐、久站，养成良好的排便习惯，有助于预防肛门疼痛的发生。