大便时肛门疼可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起，典型症状为肛门疼痛、便血和便秘。肛门检查时可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，皮下有紫红色结节，伴有剧痛，排便、坐下、行走甚至咳嗽时均可加重，多由便秘或腹泻、过量饮酒和吃辛辣食物等引起。
3.肛管或直肠下段炎症：如肛窦炎、直肠炎等，也可引起肛门疼痛。
4.肛门、直肠损伤：如肛裂、侧切后感染、肛管或直肠下段手术等，可引起局部感染，导致疼痛。
5.肛周脓肿：是直肠肛管周围软组织内或其周围间隙发生的急性化脓性感染，伴有疼痛、肿胀和发热等症状。
6.其他：如肛管直肠癌、血栓性外痔、内痔嵌顿、外痔水肿等，也可引起肛门疼痛。
如果出现大便时肛门疼的情况，建议及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，应注意保持肛门清洁，避免食用辛辣食物，预防便秘。