大便时肛门疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因和建议：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起。典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。可外用硝酸甘油软膏、重组牛碱性成纤维细胞生长因子等药物，促进裂口愈合。同时，要保持大便通畅，多饮水，多吃蔬菜水果。
2.痔疮：内痔或混合痔脱出、嵌顿，可引起肛门括约肌痉挛，导致疼痛。可外用痔疮膏、栓剂，如马应龙麝香痔疮膏、肛泰栓等。严重者需手术治疗。
3.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，多由肛腺感染引起。表现为肛周持续性剧痛，逐渐加重。需手术切开引流，并使用抗生素抗感染治疗。
4.肛管或直肠损伤：如肛裂、痔疮等引起的肛门疼，也可能是由于肛管或直肠受到损伤导致。
5.肛门直肠神经官能症：这类患者肛门部并无器质性病变，多由精神因素引起。常伴有焦虑、失眠、多梦等症状。可进行心理治疗，必要时服用抗抑郁药物。
如果大便时肛门疼痛持续不缓解，或伴有其他症状，如发热、便血、肿物脱出等，建议及时就医，明确诊断，以便进行针对性治疗。此外，保持肛门局部清洁，养成良好的排便习惯，避免久坐久站，也有助于预防肛门疾病的发生。