大便时肛门疼痛的原因可能有以下几点：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。典型表现为疼痛、便秘和出血。肛门视诊可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：肛门缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫，便后或久坐后可出现肛门坠胀或异物感。
3.内痔或混合痔：内痔或混合痔发生嵌顿时，可出现肛门疼痛。
4.肛周脓肿：是指肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生的急性化脓性感染，并形成脓肿。其主要症状是肛周持续性剧痛，受压或咳嗽时加重，行走不便，坐卧不安，全身感染症状不明显。
5.肛管直肠恶性肿瘤：肛管直肠癌破溃、感染时，可导致肛门疼痛。伴有大便习惯改变、大便形状改变、便血等症状。
6.其他：肛门部手术、肠道炎症性疾病、感染性疾病等也可引起肛门疼痛。
如果出现大便时肛门疼痛，建议及时就医，明确诊断，以便进行针对性治疗。同时，应注意保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，养成良好的排便习惯。