大便时肛门疼痛可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因和建议：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起，典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。可外用硝酸甘油软膏、康复新液等药物，促进裂口愈合。同时，要保持大便通畅，多喝水，多吃蔬菜水果。
2.痔疮：内痔或混合痔脱出、嵌顿，可引起肛门括约肌痉挛，导致疼痛。可外用痔疮膏、栓剂，如马应龙麝香痔疮膏、肛泰栓等。也可口服地奥司明片、痔速宁片等药物。严重者需手术治疗。
3.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，表现为肛门疼痛、肿胀、发热等。需及时就医，切开引流，并使用抗生素治疗，如头孢呋辛酯片、左氧氟沙星片等。
4.肛管炎：肛管黏膜急慢性炎症，也可引起肛门疼痛。可使用温水坐浴，缓解疼痛。同时，要注意保持肛门清洁。
5.肛窦炎：肛窦炎是指肛窦部的炎症，常并发肛乳头炎，多由细菌感染引起。可口服抗生素，如甲硝唑片、阿莫西林胶囊等。也可使用中药灌肠，如苦参汤加减。
6.其他：肛门周围皮肤感染、溃疡性结肠炎、克罗恩病、肛管或直肠肿瘤等也可引起肛门疼痛。
如果大便时肛门疼痛持续不缓解，或伴有其他症状，如发热、便血、便秘等，应及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。同时，要注意保持肛门清洁，避免久坐、久站，多喝水，多吃蔬菜水果，保持大便通畅。