肚脐眼上方3-5厘米处的疼痛，可能与以下原因有关。
1.胃部疾病
胃炎：各种原因引起的胃黏膜炎症，如幽门螺杆菌感染、长期服用非甾体抗炎药等。常表现为上腹部疼痛、腹胀、恶心、呕吐等。
胃溃疡：胃黏膜受损形成的溃疡，常与胃酸和胃蛋白酶的消化作用有关。疼痛多在餐后1小时内出现，经1-2小时后逐渐缓解，至下次进餐前疼痛消失。
胃癌：胃黏膜上皮细胞的恶性肿瘤。早期多无明显症状，少数人可有消化不良、上腹部隐痛、嗳气等非特异性症状。随着病情进展，可出现疼痛加剧、食欲减退、消瘦、贫血等症状。
2.十二指肠疾病
十二指肠溃疡：与胃酸和胃蛋白酶的侵袭作用有关。疼痛多在空腹时发生，即饥饿痛或夜间痛，进食后可缓解。
十二指肠壅积症：各种原因导致十二指肠阻塞，使食物排空受阻，引起十二指肠扩张、积水，从而导致疼痛。
3.肝脏和胆囊疾病
肝炎：肝脏炎症性疾病，可导致肝区疼痛，疼痛部位多在右上腹。
胆囊炎：胆囊炎症性疾病，常表现为右上腹阵发性绞痛，可向右肩背部放射。
胆结石：胆囊或胆管内形成的结石，可引起胆绞痛，疼痛剧烈，常伴有恶心、呕吐等症状。
4.胰腺疾病
胰腺炎：胰腺的炎症性疾病，可分为急性胰腺炎和慢性胰腺炎。急性胰腺炎多表现为上腹部剧痛，常伴有恶心、呕吐、发热等症状；慢性胰腺炎则表现为上腹部隐痛，可向背部放射。
5.其他
腹壁肌肉拉伤：剧烈运动、外力撞击等可导致腹壁肌肉拉伤，引起疼痛。
肋间神经炎：肋间神经受到刺激或炎症，可引起胸部或腹部的疼痛，疼痛多为刺痛或灼痛。
腹主动脉瘤：腹主动脉壁的局限性扩张或膨出，可导致腹部搏动性肿块和疼痛。
如果肚脐眼上方3-5厘米处疼痛持续不缓解或加重，或伴有其他症状，如恶心、呕吐、发热、黄疸等，应及时就医，进行相关检查，如腹部超声、胃镜、CT等，以明确病因，并进行针对性治疗。