怀孕39周时小腹类似来月经的疼痛，可能是以下原因引起：
1.宫缩：孕晚期可能会出现假宫缩，其特点是宫缩持续时间短且不恒定，间歇时间长且不规律，宫缩强度不增加，常在夜间出现，清晨消失，这种宫缩不会使宫颈管消失和宫颈口扩张，通常被称为生理性宫缩。但如果宫缩逐渐增强，持续时间延长，间歇时间缩短，或伴有阴道血性分泌物，应考虑早产或临产的可能，需要及时就医。
2.胎儿下降：怀孕39周时，胎儿已经入盆，可能会压迫到耻骨联合，引起下腹坠胀和疼痛，这是正常的生理现象，不需要特殊处理。
3.其他：孕妇可能会因为腹部增大，皮肤的肌纤维被牵拉，或因膨大的子宫压迫盆腔组织与神经，也会引起下腹疼痛。
总之，怀孕39周时小腹类似来月经的疼痛可能是正常的生理现象，也可能是异常的情况，需要结合具体的情况进行分析。如果疼痛持续不缓解或伴有其他异常症状，如阴道流血、破水、胎动异常等，应及时就医，进行相关的检查和治疗，以确保孕妇和胎儿的安全。