大便肛门疼痛出血的原因主要有以下几点：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是引起肛门疼痛和出血的常见原因。好发于青壮年，儿童也可发生，老年人较少见。肛裂好发于肛管后正中线上，也可发生于肛管两侧。典型的临床表现为肛门疼痛、便秘和便血。肛裂引起的疼痛，呈周期性，多在大便时或大便后加重，排便后数分钟疼痛缓解。肛裂引起的便血，颜色鲜红，量不多。
2.外痔：外痔位于齿线以下，是由痔外静脉丛曲张或肛缘皱襞皮肤发炎、肥大、结缔组织增生或血栓瘀滞而形成的肿块。外痔表面盖以皮肤，可以看见或摸到，排便或经阴道刺激后，可伴有肛门疼痛。
3.内痔：内痔是发生于齿线上方的痔，表面覆盖黏膜。内痔发展到一定程度即能脱出肛门外，内痔常合并出血。
4.肛管或直肠肿瘤：肛管或直肠的良恶性肿瘤，如直肠癌、肛管癌等，也会出现大便肛门疼痛出血的症状。
5.其他：肛管直肠损伤、肛窦炎、直肠炎等肛肠疾病，也会引起大便肛门疼痛出血。
如果出现大便肛门疼痛出血的症状，应及时就医，明确诊断，以便采取相应的治疗措施。