治疗霉菌性阴道炎的方法因病情而异，包括单纯性霉菌性阴道炎的局部用药和口服药物选择，重度霉菌性阴道炎需适当延长治疗周期，外阴瘙痒严重者可局部涂抹相关药物，复发性霉菌性阴道炎治疗周期应延长到 6 个月以上，妊娠期患者首选对胎儿影响较小的唑类药物局部治疗并可辅以乳酸成分。
治疗霉菌性阴道炎的方法因病情而异。对于单纯性霉菌性阴道炎，局部用药可选择克霉唑、氟康唑、咪康唑或制霉菌素栓剂。未婚女性及不能耐受阴道给药者，可选择口服药物，常用的有氟康唑和伊曲康唑，但治疗期间需注意监测肝肾功能。
重度霉菌性阴道炎的治疗周期应适当延长至714天。外阴瘙痒严重的患者，可在外阴局部涂抹低浓度的糖皮质激素软膏或唑类霜剂。
复发性霉菌性阴道炎（1年内发生4次以上），治疗周期应延长到6个月以上。
妊娠期也是霉菌性阴道炎的好发时期，对于妊娠期患者，首选阴道局部使用对胎儿影响较小的唑类药物，如克霉唑阴道栓剂，同时可辅以乳酸成分，以帮助恢复乳酸环境，减少疾病复发。