指甲上有凹陷的原因主要有以下几点：
1.营养不良：指甲是由角质蛋白组成的，需要足够的营养物质来维持其健康。如果身体缺乏某些营养物质，如蛋白质、铁、钙、维生素等，就可能导致指甲营养不良，出现凹陷、变薄、易碎等问题。
蛋白质：蛋白质是指甲的主要组成部分，如果身体缺乏蛋白质，指甲就会变薄、易碎，容易出现凹陷。此外，蛋白质摄入不足还可能导致头发干枯、皮肤粗糙等问题。
铁：铁是合成血红蛋白的重要原料，如果身体缺铁，就可能导致贫血，从而影响指甲的健康。缺铁还可能导致皮肤苍白、疲劳、乏力等症状。
钙：钙是维持骨骼和牙齿健康的重要元素，如果身体缺钙，就可能导致骨质疏松，从而影响指甲的硬度和强度。此外，缺钙还可能导致肌肉痉挛、抽搐等症状。
维生素：维生素A、维生素B、维生素C等维生素对指甲的健康也非常重要。如果身体缺乏这些维生素，就可能导致指甲变薄、易碎、易断裂等问题。
2.真菌感染：指甲真菌感染是指甲凹陷的常见原因之一。真菌感染会导致指甲变厚、变色、变形，甚至出现凹陷。此外，真菌感染还可能伴有瘙痒、疼痛等症状。
3.外伤：指甲受到外伤，如挤压、碰撞、切割等，也可能导致指甲凹陷。此外，指甲长期受到潮湿、闷热的环境刺激，也可能增加真菌感染的风险。
4.疾病：某些疾病也可能导致指甲凹陷，如银屑病、扁平苔藓、斑秃等。这些疾病可能影响指甲的生长和代谢，导致指甲出现异常。
5.药物：某些药物，如化疗药物、抗抑郁药等，可能影响指甲的健康，导致指甲凹陷、变色等问题。
6.遗传因素：指甲凹陷也可能与遗传因素有关。如果家族中有指甲凹陷的病例，那么自己患上指甲凹陷的风险可能会增加。
总之，指甲上出现凹陷可能是多种原因导致的。如果凹陷是由营养不良、真菌感染等原因引起的，通常可以通过调整饮食、使用药物等方法来改善。如果凹陷是由疾病或遗传因素引起的，那么需要及时就医，进行针对性治疗。