肛裂三联征主要由肛裂、感染、肛管狭窄、内括约肌痉挛及其他因素引起，多种因素综合作用导致肛管皮肤溃疡，出现肛裂前哨痔、肥大乳头，常同时存在。
引起肛裂三联征的原因主要有以下几点：
1.肛裂：肛裂是引起肛裂三联征的主要原因。肛裂是肛管皮肤的纵行裂口，通常由于便秘、腹泻或肛管损伤等原因导致。肛裂后，肛管皮肤溃疡，裂口下端皮肤因炎症、水肿及静脉回流受阻，形成袋状皮垂向下突出于肛门外，形成肛裂前哨痔；裂口上端的肛门瓣和肛乳头因炎症和水肿，也可形成肥大乳头；肛裂、前哨痔、肥大乳头常同时存在，称为肛裂三联征。
2.感染：肛管损伤后易受细菌感染，引起肛窦炎和肛乳头炎，最终导致肛裂。
3.肛管狭窄：先天性肛管狭窄、后天性肛管狭窄、肛管烧伤、烫伤后瘢痕挛缩等，均可导致肛管狭窄，粪便通过困难，排便时肛管皮肤易裂伤，导致肛裂。
4.内括约肌痉挛：肛裂患者因肛门括约肌痉挛，肛管张力过高，妨碍肛管血液回流，营养不良，愈合缓慢，形成肛裂。
5.其他：如肛门局部刺激、过敏、内分泌失调等，也可能导致肛裂的发生。
总之，肛裂三联征的发生是多种因素综合作用的结果。预防肛裂的发生，应保持大便通畅，避免便秘和腹泻；及时治疗肛窦炎、肛乳头炎等肛管疾病；保持肛门局部清洁，避免感染。