唇腭裂引起的原因目前尚未完全明确，但研究发现多种因素可能与之相关。一般认为，大约有2%-3%的新生儿可能出现唇腭裂问题，其发生与遗传因素、环境因素等有关。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有直系亲属患有唇腭裂，那么后代患唇腭裂的风险会相对增高。比如，父母一方患有唇腭裂，子女患病的概率比普通人群要高一些。据统计，有唇腭裂家族史的家庭，子女发病风险比无家族史的家庭高20%左右。基因变异影响： 某些特定基因的变异可能会增加唇腭裂发生的可能性。目前已经发现一些与面部发育相关的基因，当这些基因发生突变或异常时，就可能干扰胚胎时期面部组织的正常发育，从而导致唇腭裂的出现。
环境因素方面
孕期感染： 孕妇在怀孕期间如果感染了某些病毒，如风疹病毒等，就可能增加胎儿患唇腭裂的风险。研究表明，孕妇在妊娠早期（怀孕3个月内）感染风疹病毒，胎儿发生唇腭裂的概率会明显升高，可能达到正常情况的2-3倍。孕期接触有害物质： 孕妇在孕期接触一些有害物质也可能引发唇腭裂。例如，长期接触铅、汞等重金属，或者处于含有农药、化学毒物的环境中，这些有害物质可能通过胎盘影响胎儿面部的发育，导致唇腭裂的形成。另外，孕期大量吸烟、饮酒也会对胎儿发育产生不良影响，增加唇腭裂发生的几率。
营养因素方面
维生素缺乏： 孕妇在孕期如果缺乏某些重要的维生素，如维生素A、维生素B2等，可能会影响胚胎的正常发育，进而增加唇腭裂发生的风险。有研究显示，孕妇孕期维生素A摄入不足，胎儿发生唇腭裂的风险比维生素A摄入充足的孕妇高约1.5倍。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素的缺乏也与唇腭裂的发生有关。锌对于细胞的生长和分化有着重要作用，孕妇锌摄入不足时，会影响胎儿面部组织的发育；铁缺乏会影响胎盘的血液供应等，间接影响胎儿发育，增加唇腭裂发生的可能性。