知柏地黄丸在六味地黄丸基础上加知母、黄柏，增强滋阴降火作用，适用于肾阴亏损所致阴虚火旺证；杞菊地黄丸在六味地黄丸基础上加枸杞子、菊花，具有滋肾养肝明目功效，适用于肝肾阴亏且眼部症状明显的病症，使用时应根据自身症状和体质在医生指导下选择。
知柏地黄丸和杞菊地黄丸的区别主要在于功效和适用病症。
知柏地黄丸是在六味地黄丸的基础上加入知母和黄柏两味药。知母清热泻火、滋阴润燥；黄柏清热燥湿、泻火解毒、退热除蒸。这两味药的加入，增强了滋阴降火的作用，适用于肾阴亏损所致的阴虚火旺证，表现为潮热盗汗、口干咽痛、耳鸣遗精、小便短赤等。
杞菊地黄丸则是在六味地黄丸的基础上加入枸杞子和菊花。枸杞子滋补肝肾、益精明目；菊花疏散风热、平抑肝阳、清肝明目。该药具有滋肾养肝的功效，适用于肝肾阴亏所致的病症，如眩晕耳鸣、羞明畏光、迎风流泪、视物昏花等。
总的来说，知柏地黄丸侧重于滋阴降火，适用于阴虚火旺的情况；杞菊地黄丸侧重于滋肾养肝明目，适用于肝肾阴亏、眼部症状较为明显的情况。在使用这两种药物时，应根据自身的症状和体质，在医生的指导下进行选择和使用。