男性生殖器疱疹初期症状主要表现为皮损、全身症状、水疱、局部不适等，不同人群症状有所差异。
男性生殖器疱疹初期症状通常有以下几点：
一、皮损多发于男性的包皮、龟头、冠状沟和阴茎等处，偶见于尿道口。
二、原发性生殖器疱疹，往往伴有全身不适，低热、头痛等全身症状，局部淋巴结肿大。
三、水疱出现前生殖部位常先有灼热、瘙痒或感觉异常，随之局部出现淡红色斑或丘疹，在此基础上迅速出现芝麻至绿豆大群集性紧张水疱，疱液开始较清，逐渐可变成混浊甚至程脓性。疱壁薄而松弛，疱液可擦破，形成糜烂、结痂，痂脱后可出现浅溃疡，疼痛明显。
四、男性同性恋或双性恋者，肛门直肠疼痛，肛门有分泌物，大便时有里急后重感。