头痛时做CT好还是核磁共振好，需要根据具体情况来判断。一般来说，如果怀疑脑部有实质性病变，如肿瘤、出血、梗死等，CT检查是首选；如果需要更详细地了解脑部结构和功能，如脑白质病变、变性疾病等，或者怀疑脑部功能性疾病，如癫痫、偏头痛等，核磁共振检查可能更合适。
CT检查的优点是快速、简便，可以清晰地显示脑部结构，对于诊断脑部实质性病变具有较高的准确性。缺点是对于软组织的分辨力较低，对于一些脑部功能性疾病的诊断价值有限。此外，CT检查还存在一定的辐射风险。
核磁共振检查的优点是对软组织的分辨力更高，可以提供更详细的脑部结构和功能信息，对于诊断脑部功能性疾病和一些脑部结构性疾病具有重要价值。缺点是检查时间较长，对幽闭恐惧症患者不适用，体内有金属植入物者需谨慎。此外，核磁共振检查的费用相对较高。
需要注意的是，在选择检查方法时，医生会根据患者的具体情况进行综合考虑，包括病史、症状、年龄、健康状况、检查目的等。如果对检查方法有任何疑问，应及时与医生沟通。此外，无论选择哪种检查，都应遵循医生的指导，做好检查前的准备工作。