咽喉炎反复发作的原因主要有局部、全身、外界因素三个方面。局部因素包括急性咽炎未愈、邻近器官疾病、呼吸道慢性炎症、职业因素等；全身因素包括贫血、消化不良等全身性疾病，内分泌紊乱、病毒或细菌感染、过敏等；外界因素包括生活不规律、疲劳、精神紧张、高温、粉尘、烟雾、刺激性气体等。
咽喉炎反复发作的原因主要有以下几点：
1.局部因素：
急性咽炎反复发作：未能彻底治愈而转成慢性，长期粉尘或有害气体刺激、烟酒过度或其他不良生活习惯、鼻窦炎分泌物刺激、过敏体质或身体抵抗力减低等。
邻近器官疾病：如慢性扁桃体炎、牙龈炎、龋齿等。
呼吸道慢性炎症：鼻腔、鼻窦以及鼻咽部炎性分泌物刺激，如慢性鼻炎、鼻中隔偏曲、腺样体肥大、鼾症等，均可导致咽部长期受到刺激而引发咽炎。
职业因素：主要多发于嗓音工作者，如教师、演员等。长期持续高声讲话，过高、过长时间的演唱等均可导致声带肥厚或声带小结，引起慢性咽喉炎。
2.全身因素：
贫血，消化不良，胃食管反流，心脏病（因血液循环障碍影响咽部静脉回流造成咽部局部淤血），慢性支气管炎，支气管哮喘，风湿病，肝、肾疾病等，也可引发咽喉炎。
内分泌紊乱，自主神经失调，臭鼻杆菌及类白喉杆菌的感染，维生素缺乏及免疫功能低下等均与萎缩性及干燥性咽炎相关。
病毒感染：以柯萨奇病毒、腺病毒、副流感病毒多见，鼻病毒及流感病毒次之，病毒多通过飞沫和亲密接触而传染。
细菌感染：以链球菌、葡萄球菌和肺炎双球菌多见。其中以A组乙型链球菌引起者症状较重。若细菌或毒素进入血液，甚至发生远处器官的化脓性病变，称为急性脓毒性咽喉炎。
3.外界因素：
长期生活不规律、疲劳、精神紧张，可使身体抵抗力下降，细菌和病毒容易反复感染，导致咽炎迁延不愈。
高温、粉尘、烟雾、刺激性气体等环境因素，也容易导致慢性咽喉炎的发生。
过敏因素：吸入性过敏原（包括季节性与常年性过敏原），如花粉、室内尘土、真菌、动物皮屑、羽毛、棉花絮等，以及食物性过敏原（包括鱼虾、鸡蛋、牛奶、面粉、花生、大豆等），都可能是导致咽喉炎的原因之一。