大拇指甲盖凹陷的原因分两种情况，单个大拇指甲盖凹陷可能是曾受过外伤导致甲根受损或大拇指受细菌、真菌感染影响甲根；整个手的指甲全都凹陷则可能是全身性因素，如某种营养不良、微量元素缺乏、缺碘性贫血、半胱氨酸代谢障碍等多种疾病引起。
大拇指甲盖凹陷的原因如下：
1.单个大拇指甲盖凹陷：
外伤：曾受过外伤，导致甲根受损，会引起指甲变形，出现大拇指甲盖凹陷。
感染：大拇指受到细菌感染，如甲沟炎，或真菌感染，影响到甲根，也可导致指甲盖凹陷。
2.整个手的指甲全都凹陷：
全身性因素：如某种营养不良、某种微量元素缺乏、缺碘性贫血，以及半胱氨酸代谢障碍等多种疾病，都可能引起这种情况。因为是全身性因素，所以会导致每个指甲都出现凹陷。而单个指甲出现凹陷，通常与感染和外伤关系较大，若有明确外伤史，则更易引发单个拇指的变化。