莫沙必利和吗丁啉在作用部位、作用机制、适用病症上存在区别，吗丁啉是胃动力药，作用点在胃部，通过增加胃窦和十二指肠运动等抑制恶心、呕吐，主要治疗胃部动力不足引起的疾病；莫沙必利是全消化道动力药，通过兴奋相关受体促进乙酰胆碱释放增强胃肠道运动，适用于涉及全消化道动力问题的病症，具体用药应在医生指导下选择。
莫沙必利和吗丁啉的区别主要体现在以下几个方面：
1.作用部位：吗丁啉属于胃动力药，主要作用点在胃部，着重促进胃蠕动；莫沙必利是全消化道动力药，对胃肠均有明显的刺激作用，可促进全消化道的蠕动。
2.作用机制：吗丁啉是通过增加胃窦和十二指肠运动，协调幽门的收缩，同时增强食道的蠕动和食道下端括约肌的张力，从而抑制恶心、呕吐。莫沙必利则是通过兴奋胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5羟色胺4受体，促进乙酰胆碱的释放，从而增强胃肠道运动。
3.适用病症：吗丁啉主要用于治疗胃轻瘫、反流性胃炎、功能性消化不良及糖尿病胃轻瘫等胃部动力不足引起的疾病；莫沙必利则适用于功能性消化不良、胃食管反流病、糖尿病性胃轻瘫及部分胃切除患者的胃功能障碍等涉及全消化道动力问题的病症。
需要注意的是，具体使用哪种药物应结合个人疾病的情况，在医生的指导下进行正确选择。