上颚部长了小疙瘩并伴有疼痛，可能是以下原因引起：
1.口腔溃疡：通常是由于局部创伤、精神紧张、食物、药物、营养不良、激素水平改变等因素引起的。溃疡一般具有“红黄凹痛”的特征，即表面覆有黄色或白色假膜，中央凹陷，边界清楚，周围黏膜红肿。可在医生的指导下使用西瓜霜含片、口腔溃疡散等药物进行治疗。
2.口腔疱疹：由单纯疱疹病毒感染引起，表现为口腔黏膜出现簇集性小水疱，水疱破裂后可形成溃疡，伴有疼痛。可使用阿昔洛韦、伐昔洛韦等药物进行抗病毒治疗。
3.口腔癌：口腔黏膜长期受到慢性刺激，可导致上皮异常增生，进而引发口腔癌。口腔癌早期可表现为口腔内的小疙瘩或肿块，伴有疼痛、溃疡等症状。需要进行手术、放疗、化疗等综合治疗。
4.其他：上颚部长了小疙瘩并伴有疼痛，还可能与根尖周炎、牙周脓肿、扁桃体炎等疾病有关。
如果上颚部长了小疙瘩并伴有疼痛，建议及时就医，明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意保持口腔卫生，避免食用辛辣、刺激性食物。