一、胚胎因素
胚胎或胎儿染色体异常是早期流产最常见的原因，约占50%~60%。染色体异常包括数目异常（如三体、单体等）和结构异常（如染色体缺失、易位等），这种异常可能由父母遗传因素或胚胎发育过程中受环境等因素影响所致。
二、母体因素
1.全身性疾病：孕妇患有严重感染（如肺炎、败血症等）、高热疾病、严重贫血或心力衰竭、慢性肝肾疾病、高血压等全身性疾病时，会影响胎盘血液灌注及供氧，从而导致胎停。例如，孕妇严重贫血时，胎盘供氧不足，可能引发胚胎发育异常。
2.生殖器官异常：子宫畸形（如单角子宫、双角子宫等）、宫腔粘连等子宫结构或形态异常会影响胚胎着床与发育环境；宫颈重度裂伤、宫颈内口松弛等宫颈病变，可能导致妊娠中晚期流产，但也可引发早期胎停。
3.内分泌异常：黄体功能不全可导致孕酮分泌不足，影响子宫内膜容受性；甲状腺功能减退会使母体代谢紊乱，影响胚胎发育；糖尿病患者血糖控制不佳时，高血糖环境不利于胚胎生长，均可能引发胎停。
4.免疫功能异常：自身免疫性疾病（如系统性红斑狼疮等）可产生自身抗体攻击胚胎组织；同种免疫异常（如母胎免疫耐受失衡）也会干扰胚胎着床与发育，增加胎停风险。
5.强烈应激与不良习惯：孕妇过量吸烟、酗酒、吸毒等不良生活习惯，或遭受严重精神打击等强烈应激事件，可能影响胚胎正常发育，导致胎停。
三、父亲因素
父亲精子染色体异常可增加胚胎染色体异常概率，从而引发胎停。
四、环境因素
过多接触放射线（如放射治疗、职业性辐射暴露等）及化学物质（如苯、甲醛、农药等），这些有害物质可引起胚胎染色体畸变，进而导致胎停。