停经40天B超看不到孕囊，可能是受孕时间较短、宫外孕、胎停育或存在其他问题，如子宫畸形、子宫肌瘤等。一般医生会建议进行血HCG测定、孕酮测定、复查B超或其他检查，以明确诊断。在此期间，患者应注意休息，如有异常及时就医，保持良好心态。
停经40天B超看不到孕囊可能有以下原因：
1.受孕时间较短：孕囊可能还太小，B超无法检测到。
2.宫外孕：孕囊可能位于子宫外，如输卵管、卵巢等部位。
3.胎停育：孕囊已经停止发育，但尚未自然排出。
4.其他：如子宫畸形、子宫肌瘤等。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要结合临床症状、实验室检查等综合判断。如果停经40天B超看不到孕囊，医生可能会建议进行以下检查：
1.血HCG测定：通过检测血液中HCG的水平，判断是否怀孕以及孕囊的发育情况。
2.孕酮测定：了解孕酮水平，有助于判断孕囊的功能。
3.复查B超：在医生的指导下，适当推迟复查B超的时间，以确定孕囊的位置和发育情况。
4.其他检查：如宫腔镜、腹腔镜等，以排除其他可能的疾病。
在等待检查结果和进一步治疗期间，患者应注意休息，避免剧烈运动和性生活。如果出现腹痛、阴道流血等异常情况，应及时就医。同时，要保持良好的心态，积极配合医生的治疗。