停经40天B超看不到孕囊可能是停经时间较短，也可能是宫外孕、胚胎发育不良或其他因素所致，需要进一步检查和观察。
停经40天B超看不到孕囊可能有以下几种情况：
1.停经时间较短：孕囊可能还太小，B超无法检测到。建议复查B超，以确定孕囊的位置和发育情况。
2.宫外孕：受精卵着床在子宫以外的部位，如输卵管、卵巢、腹腔等，B超也可能看不到孕囊。需要进一步检查，如血βHCG、孕酮、后穹窿穿刺等，以排除宫外孕的可能。
3.胚胎发育不良：如果孕囊发育缓慢或停止发育，B超也可能看不到胎芽和胎心搏动。需要结合血βHCG和孕酮的水平，综合判断胚胎的发育情况。
4.其他因素：子宫肌瘤、子宫畸形、子宫内膜息肉等也可能影响孕囊的显示。需要进一步检查，以排除这些疾病的可能。
总之，停经40天B超看不到孕囊需要引起重视，需要进一步检查和观察，以确定孕囊的位置和发育情况，及时发现和处理异常情况。