停经40天B超看不到孕囊，可能是受孕时间较短、宫外孕、胚胎发育异常或其他因素导致，具体情况需结合临床症状、HCG水平等进一步检查来明确。
停经40天B超看不到孕囊可能是以下原因：
1.受孕时间较短：孕囊可能还没有发育到可以通过B超检测到的大小。
2.宫外孕：孕囊可能位于子宫外，如输卵管、卵巢等部位，这种情况比较危险，需要及时诊断和治疗。
3.胚胎发育异常：孕囊可能存在发育不良或停止发育的情况。
4.其他因素：如子宫肌瘤、子宫内膜息肉等也可能影响孕囊的检测。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要结合临床症状、HCG水平等进一步检查来明确。如果停经40天B超看不到孕囊，建议及时就医，医生会根据具体情况进行评估和处理。同时，在等待检查结果的过程中，应注意休息，避免剧烈运动和性生活，如有异常腹痛或阴道流血等情况，应立即就医。