精子畸形率99%时自然受孕，虽然能怀孕，但容易引发早期流产、胎停育，增加胎儿发育畸形和罹患先天性疾病的风险，还会提高孕妇难产、产后大出血等产科并发症的发生几率。因此，孕妇需按时产检，密切关注胎儿情况。
一般来说，精子畸形率99%的情况下自然受孕，会对胎儿和孕妇产生以下影响：
1.容易引发早期流产：精子畸形率高，受精时的竞争力就会弱，即便成功受孕，也容易在早期发生流产。
2.导致胎停育：即便胎儿保住了，在后续的发育中也可能因为精子的问题，出现胎停育的情况。
3.影响胎儿健康：精子畸形意味着其携带的遗传物质很可能存在问题，这会增加胎儿发育畸形、罹患先天性疾病的风险。
4.增加孕妇孕期风险：难产、产后大出血等产科并发症，在精子畸形率高的情况下，发生几率也会上升。
因此，精子畸形率99%时，即便成功受孕，孕妇也应按时进行产检，密切关注胎儿的发育情况，一旦出现异常，应及时采取措施。