药物成分与作用机制方面的区别
金霉素眼膏：主要成分是金霉素，属于四环素类广谱抗生素，通过抑制细菌蛋白质合成发挥抗菌作用，对多种革兰阳性菌及阴性菌等有抗菌活性。
红霉素眼膏：主要成分是红霉素，属于大环内酯类抗生素，作用机制是抑制细菌蛋白质的合成，对革兰阳性菌和部分革兰阴性菌，以及一些非典型病原体（如衣原体、支原体等）有抗菌作用。
抗菌谱方面的区别
金霉素眼膏：对金黄色葡萄球菌、化脓性链球菌、肺炎链球菌等革兰阳性菌，以及流感嗜血杆菌等革兰阴性菌有一定抗菌作用，还对沙眼衣原体等有抑制作用。
红霉素眼膏：对革兰阳性菌如金黄色葡萄球菌、链球菌、肺炎球菌等有较强的抗菌活性，对革兰阴性菌中的脑膜炎奈瑟菌、流感嗜血杆菌、百日咳杆菌等也有一定作用，对支原体、衣原体、螺旋体等也有抗菌作用，相对金霉素眼膏，对支原体、衣原体等非典型病原体的作用可能更突出一些。
适用病症方面的区别
金霉素眼膏：常用于治疗细菌性结膜炎、麦粒肿及细菌性眼睑炎等，也可用于治疗沙眼。
红霉素眼膏：适用于沙眼、结膜炎、角膜炎，也用于预防和治疗沙眼衣原体所致的新生儿inclusion结膜炎等，对一些革兰阳性菌感染引起的麦粒肿等也有一定疗效。
安全性方面的区别
儿童等特殊人群：儿童使用时，相对而言，红霉素眼膏可能在某些方面更具安全性考量，但具体还需根据个体情况。金霉素眼膏属于四环素类，8岁以下儿童使用可能会影响牙齿和骨骼发育，所以8岁以下儿童应避免使用金霉素眼膏；而红霉素眼膏相对来说在儿童中的应用相对更需谨慎，但相比金霉素眼膏在低龄儿童牙齿骨骼影响方面风险可能不同，不过儿童使用都需在医生指导下谨慎应用。
孕妇等特殊人群：孕妇使用时，金霉素属于四环素类，孕妇使用可能会对胎儿产生不良影响，应避免使用；红霉素眼膏孕妇使用相对风险可能较低，但也需在医生评估后谨慎使用。
使用注意事项方面的区别
金霉素眼膏：使用时如果出现眼睛红肿、疼痛加重或视力改变等情况应停药就医，而且8岁以下儿童禁用。
红霉素眼膏：使用时若出现过敏症状应立即停药，孕妇及哺乳期妇女应在医生指导下使用。
总之，金霉素眼膏和红霉素眼膏在成分、抗菌谱、适用病症及安全性等方面存在一定区别，临床医生会根据患者具体病情等因素来选择使用哪一种眼膏来治疗麦粒肿等相关病症。