药物成分方面
红霉素眼膏主要成分是红霉素，属于大环内酯类抗生素。金霉素眼膏主要成分是金霉素，属于四环素类抗生素。
抗菌谱方面
红霉素眼膏对革兰阳性菌如金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌等有较强的抗菌活性，对部分革兰阴性菌如脑膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌等也有一定作用。金霉素眼膏对许多革兰阳性菌及沙眼衣原体等有抗菌作用，对革兰阴性菌中的肠道杆菌科细菌等也有一定作用，但由于耐药问题等，其抗菌应用情况与过去有所不同。
适应证方面
红霉素眼膏常用于治疗沙眼、结膜炎、角膜炎等眼部感染性疾病，也可用于预防新生儿淋球菌及沙眼衣原体眼部感染。金霉素眼膏可用于治疗细菌性结膜炎、麦粒肿及细菌性眼睑炎等，也可用于治疗沙眼。
不良反应方面
两者都可能引起眼部的刺激症状，如用药部位烧灼感、瘙痒、红肿等，但相对来说，个体对两种药物的不良反应表现可能有所差异。一般来说，都要注意用药后如果出现严重的不适反应需及时就医。对于特殊人群，如孕妇、哺乳期妇女等使用时，虽然目前没有明确的大量数据表明绝对安全，但都需要谨慎权衡利弊，因为药物可能会通过眼部吸收等途径进入体内，虽然量通常较少，但仍需遵循医生的专业指导。儿童使用时也需格外小心，因为儿童的眼部组织相对娇嫩，出现不良反应的风险可能相对较高，应在成人监护下谨慎使用。
剂型特点方面
两者都是眼膏剂型，使用时需要注意正确的使用方法，点眼时避免管口接触眼部其他部位，防止污染药物。眼膏剂型能在眼部形成一层保护膜，缓慢释放药物，起到持续的治疗作用。但不同个体使用时的感受可能因眼部的敏感度等因素而有所不同。