胃肠道不适
部分患者服用后可能出现胃部不适，如轻度的胃痛、胃胀等症状，这可能与药物对胃肠道的刺激有关，尤其是本身胃肠道功能较弱的人群更容易发生。
过敏反应
少数人可能对麝香保心丸中的某些成分过敏，表现为皮肤瘙痒、皮疹，严重时可能出现呼吸困难等过敏症状，过敏体质者需格外留意。
头痛头晕
个别患者用药后可能出现头痛、头晕的情况，这可能是药物对神经系统产生的一定影响所致，具体机制尚需进一步研究，但在用药过程中需密切关注自身头部感觉。
心血管方面影响
极个别情况下，可能对心血管系统有一定影响，如出现心悸等症状，但相对较为罕见。不过对于本身有严重心血管疾病且病情不稳定的患者，用药时更要谨慎观察。
特殊人群如孕妇应禁用麝香保心丸，因为其中的某些成分可能对胎儿产生不良影响；老年人由于身体机能相对较弱，在服用时需更密切监测自身反应，一旦出现不适要及时就医评估。