流感反复发烧39度可采取以下措施：
1.药物治疗：使用解热镇痛药，如对乙酰氨基酚或布洛芬，可缓解发热和疼痛症状。但需注意按照药品说明书的剂量和使用方法服用，避免过量使用。
2.物理降温：用温水擦拭身体，尤其是颈部、腋窝、肘窝、腹股沟等部位，帮助散热。也可使用冰袋或冷毛巾敷在额头或颈部，但要注意避免冻伤。
3.补充水分：发热会导致身体水分流失，应多喝水或饮用适量的果汁、盐水等，以保持身体水分平衡。
4.注意休息：保持充足的睡眠，避免过度劳累，有助于身体恢复。
5.观察病情：密切观察体温变化、症状是否加重以及有无其他不适。如出现呼吸急促、咳嗽加剧、意识不清等症状，应及时就医。
6.就医诊治：如果发热持续时间较长、体温较高、症状严重或有基础疾病的患者，应及时就医。医生可能会根据病情进行进一步的检查和治疗，如抗病毒药物治疗等。
此外，在流感流行季节，应注意个人卫生，勤洗手，避免前往人群密集的场所。同时，可通过接种流感疫苗来预防流感。