水解奶粉是将牛奶中引起过敏的大分子蛋白质经过水解工艺处理，变成小分子蛋白质或肽段，而普通奶粉中的蛋白质是完整的大分子结构。
营养成分方面
水解奶粉在营养成分上与普通奶粉大致相同，都包含蛋白质、脂肪、碳水化合物、维生素、矿物质等基本营养，但由于水解过程，其蛋白质结构改变，消化吸收特点有差异。
适用人群不同
- 普通奶粉：适用于胃肠道消化功能正常、无牛奶蛋白过敏风险的健康婴幼儿。一般足月健康新生儿可从出生起食用普通奶粉。
- 水解奶粉：主要适用于对牛奶蛋白过敏的婴儿，这类婴儿食用普通奶粉可能出现过敏症状，如皮疹、腹泻、呕吐等；也适用于有牛奶蛋白过敏家族史的高危婴儿，可提前进行饮食干预。
消化吸收特性
水解奶粉中的小分子蛋白质更易于消化吸收，对于胃肠道功能尚未完全发育成熟的婴儿，尤其是可能存在消化功能较弱情况的婴儿，能减轻胃肠道消化负担；而普通奶粉中的大分子蛋白质对于消化功能相对较弱的婴儿，可能会增加消化难度。
口感与气味
水解奶粉由于蛋白质结构的变化，口感和气味可能与普通奶粉有所不同，部分婴儿可能需要一定时间适应水解奶粉的味道。