适度水解奶粉和普通奶粉主要在蛋白质结构上有区别。普通奶粉中的蛋白质是完整大分子，而适度水解奶粉是将完整大分子蛋白质经过水解工艺处理，变成小片段的蛋白质。
蛋白质结构差异
普通奶粉蛋白质为完整大分子，适度水解奶粉是把完整大分子蛋白水解成小片段蛋白，更利于部分特殊人群消化吸收。
适用人群不同
对于胃肠道功能较弱、有牛奶蛋白轻度过敏风险或刚开始尝试奶粉的婴儿等人群，适度水解奶粉可能更适合；而普通奶粉适用于胃肠道消化功能正常、无牛奶蛋白过敏问题的大多数婴儿。
消化吸收难易度
适度水解奶粉因蛋白质片段小，相对普通奶粉更易被部分消化功能尚不完善的婴儿消化吸收，能降低消化负担。
价格方面
通常适度水解奶粉由于生产工艺复杂等原因，价格会比普通奶粉高一些。
口感可能有别
由于蛋白质结构不同，适度水解奶粉和普通奶粉的口感可能存在差异，部分婴儿对两者的接受程度可能不同。