适度水解奶粉与普通奶粉主要在蛋白质结构上有区别。普通奶粉中的蛋白质是完整大分子，而适度水解奶粉是将完整大分子蛋白质经过水解工艺处理，变成小分子蛋白质。
营养成分方面
适度水解奶粉和普通奶粉的基础营养成分大致相同，都包含蛋白质、脂肪、碳水化合物、维生素和矿物质等，但适度水解奶粉因蛋白质结构改变，在消化吸收特性上有差异。
消化吸收特性
普通奶粉中的完整大分子蛋白质对于一些消化功能尚未完全成熟的婴儿可能较难消化，而适度水解奶粉的小分子蛋白质更易被婴儿消化吸收，能减轻婴儿胃肠道消化负担。例如，有研究表明，食用适度水解奶粉的婴儿出现消化不良症状的概率相对普通奶粉更低。
适用人群
普通奶粉适用于消化功能正常的大多数婴儿。而适度水解奶粉适用于有轻度牛奶蛋白过敏风险或轻度牛奶蛋白过敏的婴儿，这类婴儿食用适度水解奶粉能在一定程度上缓解因牛奶蛋白引起的不适症状。比如，对于出生后有牛奶蛋白过敏倾向，出现轻度腹泻、皮疹等情况的婴儿，适度水解奶粉是更合适的选择。
口感与气味
由于蛋白质结构不同，适度水解奶粉和普通奶粉的口感和气味可能会有差异。适度水解奶粉的口感相对更清淡，气味也可能与普通奶粉有所不同，但一般都能被婴儿接受。不过，不同品牌的适度水解奶粉和普通奶粉在具体口感和气味上会因生产工艺等因素存在一定个体差异。