深度水解奶粉是将牛奶中引起过敏的大分子蛋白质经过特殊工艺水解成短肽及小分子蛋白质，致敏性较低；普通氨基酸奶粉则是将蛋白质完全分解为游离氨基酸，不含完整蛋白质分子，适用于对深度水解奶粉仍过敏或严重牛奶蛋白过敏的婴儿。
蛋白质结构方面
深度水解奶粉中的蛋白质是部分水解的短肽和小分子蛋白，还保留部分蛋白质结构；普通氨基酸奶粉中的蛋白质已完全分解为氨基酸，不存在蛋白质的肽链结构。
适用人群差异
深度水解奶粉通常适用于轻、中度牛奶蛋白过敏的婴儿；普通氨基酸奶粉适用于重度牛奶蛋白过敏，对深度水解奶粉过敏或水解蛋白配方喂养仍有过敏症状的婴儿。
过敏风险不同
深度水解奶粉仍有极个别婴儿可能过敏；普通氨基酸奶粉因为是完全分解为氨基酸，过敏风险极低，但价格相对较高。
营养成分情况
两者都能满足婴儿生长发育所需的基本营养成分，但在消化吸收上，普通氨基酸奶粉因为是氨基酸形式，可能更易被重度过敏婴儿消化吸收，深度水解奶粉相对次之。对于不同年龄、健康状况的婴儿，选择时需根据具体过敏情况和医生建议来定，比如婴儿有严重牛奶蛋白过敏病史，可能更倾向选择普通氨基酸奶粉；而轻中度过敏婴儿可先尝试深度水解奶粉。