咀嚼肌咬合时疼痛，可能与以下原因有关。
1.咀嚼肌损伤：咀嚼肌受到外力撞击或过度使用，可能导致肌肉损伤，引起疼痛。这种情况下，应避免过度使用咀嚼肌，可在医生指导下使用止痛药物缓解疼痛。
2.颞下颌关节紊乱综合征：这是一种常见的口腔疾病，可导致颞下颌关节功能障碍和咀嚼肌疼痛。此外，还可能出现关节弹响、张口受限等症状。治疗方法包括物理治疗、药物治疗和口腔正畸等。
3.牙齿问题：如龋齿、牙髓炎、根尖周炎等，也可能引起咀嚼肌疼痛。此外，牙齿排列不齐、咬合异常等也可能导致咀嚼肌功能异常。需要就医进行口腔检查和治疗。
4.神经痛：三叉神经痛、舌咽神经痛等神经病变也可能引起咀嚼肌疼痛。这些疼痛通常较为剧烈，需要进行相关检查，明确病因后进行针对性治疗。
5.其他：感染、风湿性疾病、内分泌失调等也可能导致咀嚼肌疼痛。
总之，咀嚼肌咬合时疼痛的原因较为复杂，如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，应及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。