一般不建议做肠镜可能有多种情况。其一，患者存在严重心肺功能不全，无法耐受肠镜检查的操作过程，比如严重的心力衰竭患者，进行肠镜时身体的应激可能加重心肺负担。其二，患者处于急性腹膜炎等急腹症状态，此时做肠镜可能会加重病情或导致感染扩散。其三，患者存在精神疾病且无法配合检查，例如严重的躁狂症患者，难以配合肠镜操作。其四，患者肠道准备不充分，肠腔内有大量粪便等残留，会影响肠镜观察，如肠道准备时泻药服用量不足导致粪便未排净。
心肺功能不全者不宜做肠镜
严重心肺功能不全的患者，其心肺的代偿能力差，肠镜检查过程中患者的身体应激反应可能引发心肺功能进一步恶化，像慢性阻塞性肺疾病急性加重期的患者，做肠镜时的操作刺激可能诱发呼吸困难等严重情况。
急腹症患者不适合做肠镜
急性腹膜炎患者腹腔内有炎症反应，做肠镜会干扰炎症部位，可能使炎症扩散，加重病情，影响患者的预后，所以此类患者不宜进行肠镜检查。
精神疾病不配合者不能做肠镜
患有严重精神疾病且无法配合的患者，无法在肠镜操作过程中保持安静、配合体位等要求，会导致肠镜检查无法顺利进行，还可能在检查中发生意外，比如躁动导致器械损伤等。
肠道准备不充分者需重新评估
肠道准备不充分时，肠腔内的粪便等会遮挡视野，难以清晰观察肠道黏膜情况，影响肠镜对肠道疾病的诊断准确性，这种情况下需要重新进行肠道准备后再考虑是否进行肠镜检查。